為確保民間實驗室之檢驗品質與公信力，食品藥物管理局依據國際實驗室認證規範(ISO/IEC 17025)辦理實驗室認證，迄今已公告認證之食品、藥物及化粧品實驗室，計有33家，其中食品實驗室有26家，分布於北部13家、中部3家、南部10家，藥物及化粧品實驗室有7家，分布於北部6家、南部1家。
上述實驗室所認證之範圍，包含微生物、殘留動物用藥、殘留農藥、重金屬、防腐劑、食品添加物、戴奧辛、食品摻假及三聚氰胺等360品項，通過認證之實驗室名單及其認證項目，公佈於食品藥物管理局網站http://www.fda.gov.tw/業務專區/實驗室認證，提供各級主管機關、消費團體、業者及一般民眾參考運用。經本局認證之實驗室，除可協助政府及消費團體進行市售產品委託檢驗工作外，業者能利用認證實驗室負起自主品管之責任，而民眾對購買之產品有疑慮時，亦可自行付費送民間實驗室檢驗，共同確保飲食用藥安全。
食品藥物管理局為因應100年辦理進口食品邊境查驗、執行市售產品之檢驗管理，以及業者委託檢驗之需求，積極推廣及辦理實驗室認證業務，已制定擴大實驗室認證方案，將加速擴大民間實驗室參與認證，謹訂5月11日於食品藥物管理局局本部辦理說明會，歡迎有興趣之民間實驗室參與。