衛生署表示，兩岸簽署醫藥衛生合作協議後，已透過食品藥物管理局來進行細部工作。不過，這項協議悠關兩岸民眾健康安全，討論過程必須嚴謹，不可能為了生技產業的需求，開放過於快速。

衛生署表示，衛生署扮演國人健康把關的角色，對於生醫產業的協助，僅能在基礎建設上打造有利於產業發展的環境，同時，在法律制度上設計出公平合理的條件。這些工程不可能以太快速度來進行。

針對第六次江陳會簽署的醫藥衛生合作協議，衛生署強調，兩岸才正要相互研究，包括找到合適的專家，以及雙方官員共同討論的時間點，這都需要一段時間來籌備。

衛生署強調，該機構負責醫藥衛生合作協議執行工作，是透過食品藥物管理局、疾病管制局及中醫藥委員會等單位來負責。這些單位並不能直接幫生技產業界接洽生意，在保障民眾安全的前提下，才能逐步開放有利於產業發展的空間。

針對二代健保的後續，由於目前母法已在立法院三讀通過，衛生署正在草擬施行細則，規劃2012年正式上路。