近來台灣疫苗屢傳出缺貨，如B肝疫苗、四合一疫苗等，相較2016年南韓、澳洲疫苗經費達85億及90億，台灣僅18.9億元，難引進新型疫苗。今台灣疫苗推動協會與疾管署向政府提出建言，別仰賴菸捐、第二預備金等不穩定預算，應編列固定疫苗經費、研擬補助制度、簽署長期合約和簡化檢驗封籤流程等，提升國民健康。

台灣疫苗推動協會秘書長呂俊毅指出，隨著新型疫苗出現，衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）曾建議，長者肺炎鏈球菌、青少女子宮頸癌疫苗、幼兒輪狀病毒疫苗等，應逐步導入公費疫苗，但礙於經費不足，去年討論多時，針對逾65歲高危險群長者接種的肺炎鏈球菌疫苗暫緩實施。

呂俊毅解釋，長者染上流感、肺炎鏈球菌等皆可能引起肺炎重症，研究顯示，長者常規接種肺炎鏈球菌疫苗後，可降低4成肺炎併發風險，香港和南韓皆以導入公費長者肺炎鏈球菌疫苗；菲律賓也由地方政府公費接種子宮頸癌及輪狀病毒疫苗，全球60多國更以常規接種子宮頸癌疫苗。

相較他國，台灣疫苗基因財源不穩，台灣疫苗推動協會理事長李秉穎表示，菸捐分配作為疫苗基因占比多，但當吸菸人口減少會影響菸捐收入，財源並不穩定，政府應編列固定預算，或制定民眾部分負擔政策、將公費疫苗納入健保給付等模式增加彈性。

疾管署長周志浩指出，延長疫苗合約簽訂，有助降低每逢國際疫苗供貨不穩，或因台灣購買疫苗價格較低搶不過他國時，經常發生的缺貨情形，將合約時間從1年拉長為3年，甚至5年，如幼兒定期接種的五合一疫苗為例，簽署合約已從1年延長到3年，降低缺貨風險，其他疫苗也逐步在洽談。

呂俊毅表示，改善台灣疫苗困境，推動還須納入教育當中，提升國民預防保健認知識，且應寬限對疫苗宣導的限制，不應列為藥品廣告限制對象，因疫苗不同於藥品可自行購買到，同時也應簡化疫苗檢驗封籤過程，避免像前幾年流感疫苗到貨後，還需等待1到2個月檢驗封籤流程，延後民眾接種時機。