根據北市西藥代理商公會統計，目前至少有五十五種原料藥，在台未取得ＧＭＰ認證，國外也沒有符合規範的產品，明年原料藥ＧＭＰ上路，缺藥問題一定隨之湧現，特別是同時可用於化妝品及食品的原料藥，包括碳酸鈣、薄荷、樟腦等，目前已經出現買不到原料藥的狀況。

台北市開業藥師柯明道表示，近幾個月，家庭常備用藥紛紛缺貨，如惠民的優碘藥水、腦新頭痛藥、人生製藥齒治水等。藥師公會全聯會監事會召集人古博仁也說，浣腸劑先前爆發缺藥危機，現在還在缺貨；藥師沈采穎則說，瑞安及中生生技生產的美白藥膏，藥商說賣完庫存就不賣了，因為主成分對苯二酚買不到符合ＧＭＰ的原料藥。

不只是指示用藥，處方藥也受到影響。新光醫院藥劑部藥師劉人瑋表示，院內沒有缺藥問題，但有藥品漲價，住院病人所需的複方注射型維他命，常用品牌因新制退場，接手廠商的價格是原來兩倍。

國內最大原料藥廠台灣神隆總經理陳勇發表示，新制上路初期可能會有缺藥亂象，受影響最大的是中小型藥廠。目前全球原料藥大多來自中國及印度，兩國制度卻與台灣不同，台灣市場不算大，不容易要求國外達到我國要求，部分藥廠只好退場。

中華民國製藥發展協會理事長王玉杯則表示，找不到ＧＭＰ原料藥的藥品成分，多數可同時用於化妝品、食品，若化妝品和食品的需要量大於藥品，業者通常不會另外花錢去申請ＧＭＰ。

衛福部食藥署藥品組簡技祁若鳳表示，目前缺藥是因為有的老藥沒能跟上制度，但這些藥都有替代藥品，也請相關製藥公會協助尋找原料藥。食藥署藥品組副組長戴雪詠則說，我積極希望加入跨太平洋戰略經濟夥伴關係協議（ＴＰＰ），未來將與各國藥廠競爭，推動原料藥ＧＭＰ是希望建立台灣藥廠的國際地位，增加競爭力。