目前治療便祕以瀉劑為主，近十年來無任何新機轉藥物，若對瀉劑無效者，醫師只能以灌腸治療，甚至會考慮手術截短腸道。為此，衛福部已核准創新機轉便祕治療藥物prucalo-pride，這種藥主要在模擬腸道自然蠕動功能，可用於治療對瀉劑無效的慢性便祕女性患者。不過如果腸道有神經性異常，或有其他疾病，則不適合這類藥物。

台大醫院內科部胃腸肝膽科主治醫師吳明賢表示，目前便祕治療以瀉劑為主流，依作用方式不同分為四種：滲透壓劑、膨脹劑、軟便劑和刺激型劑等。

現有瀉劑只能透過改變糞便的軟硬或型態（固態、液態），或刺激腸道快速蠕動，易造成患者產生腹痛、腹脹或腹瀉等不良反應，許多患者劑量越用越高，產生依賴性。

根據臨床實驗，每十名女性慢性便秘患者當中，就有七人對這藥有反應。不過腎功能不好、懷孕、想懷孕女性不宜使用這種藥物。另外，常見不良事件包括腹瀉，頭痛、嘔吐、肚子痛等，程度多屬於輕至中度症狀，主要發生於治療初期，通常在持續治療的情況下數天內便會消退。

醫界普遍採用的羅馬III便祕診斷標準。醫師提醒，民眾可藉由簡單「看我三時六便」口訣記憶並自我檢測：若在三個月內排便持續出現便少、便硬、便費力、便不盡、便堵塞、或便手摳，符合兩項或更多症狀，建議盡早就醫，找出便祕原因，排除其他疾病可能。