經過數年蟄伏發展，台灣生技新藥公司屢傳捷報，許多發展中新藥陸續完成各國臨床第三期試驗（Phase III Clinical Trial），並有寶齡富錦及安成藥業等新藥業者，已向台灣或美國FDA提出新藥上市申請。大致而言，台灣生技新藥公司主要商業與獲利模式之一，就是在新藥開發進入臨床第二或三期試驗時，即將所研發新藥、技術平台、實驗數據、臨床資料、智慧財產等，於不同國家及範疇，授權給具製造能力、醫療通路、品牌知名度且熟稔新藥行銷業務之國際或區域藥廠，進行製造、行銷與銷售，台灣生技新藥公司將可按後續臨床試驗結果與新藥上市與銷售等各階段，獲取龐大的簽約金以及各階段里程碑授權金，台灣生技新藥公司「錢」景可期。

2009年，台灣醣聯將治療大腸癌抗體新藥GNX8以1.96億美元授權給日本大塚製藥接續進行臨床試驗，預計於新藥上市後，台灣醣聯可再獲取按藥品銷售金額12％計算的權利金。之後，日本大塚藥廠於2013年8月間還以每股新台幣100 元總計2.76億元金額認購台灣醣聯私募股份，取得該公司5％股權，雙方合作由智慧財產授權擴大至投資，亦是國際藥廠入股台灣藥廠之重要里程碑。

2011 年，智擎生技與美國Merrimack Pharmaceuticals（Merrimack）簽署授權暨合作契約，智擎生技將PEP02（Merrimack將其命名為MM-398）於歐洲及亞洲（台灣除外）開發、製造與商品化等權利授權予Merrimack，智擎生技獲得1千萬美元簽約金及2億1千萬美元階段授權金，再依PEP02在歐洲及亞洲之淨銷售額，還有不同百分比權利金收入。

另外，2012年間，太景生技與大陸浙江醫藥簽訂奈諾沙星大陸地區授權協議，成為台灣新藥公司授權大陸醫藥集團先例，太景生技據此協議另可獲取簽約金800萬美元，後續新藥倘順利取得中國藥監局口服藥證及注射劑型藥證後，預估太景生技仍有100萬美元及100到500萬美元階段性授權金入袋，之後太景生技還可按奈諾沙星於大陸淨銷售額7％至11％獲取權利金。

如前述案例，台灣生技新藥產業已跳脫有形產品製造銷售思維，藉由豐沛的創新研發成果與智慧財產等優質無形財產，於全球不同國家或區域，以不同產品組合、技術組合、市場通路，授權給不同需求或擁有不同資源的合作夥伴，充分徹底地實現「一隻牛剝下多層皮」全球獲利模式，並帶動諸多跨國投資、合資、授權等交易，此等獲利模式則是ICT 企業有形產品營運模式所望塵莫及的。

然而，截至2013年9月30日止，依據台灣財政部賦稅署資料，台灣僅與東南亞、南美洲、非洲、澳洲及中東與歐洲等少數25個國家簽訂全面性租稅協定，意即諸多生技新藥重要消費大國與市場，台灣與該等國家間並無租稅協定。而且，台灣於2007年實施的「生技新藥產業發展條例」，雖提供研究發展投資抵減、人才培訓投資抵減、高階專業人員與技術入股投資人之投資以及認股權憑證等投資抵減相關租稅優惠，但對於生技新藥公司從國外所獲取的權利金或股利收入等給予租稅優惠，卻付諸闕如。

基於前述租稅環境，台灣生技新藥公司及其股東倘若於規劃跨國投資、交易時，未即時結合跨國租稅規劃配套，勢將承擔支付公司依其設立國稅法於支付權利金或股利時需扣繳之預提所得稅（Withholding Tax）、台灣公司應納營業稅、所得稅以及股東個人年度所得稅等龐大租稅負擔，總體有效稅率將高達50～75％。要言之，台灣生技新藥公司與其股東，縱依據授權合約可風風光光贏得獲取鉅額權利金的「面子」，然而一筆100元權利金收入，真正落袋可能僅剩30元而輸掉「裡子」。

因此，期許台灣政府能夠加速與各國簽訂租稅協定，並於租稅協定不足時期，檢討修訂台灣相關稅制，激勵台灣各界持續投入創新研發並賺全球「智慧財」。同時，台灣生技新藥公司於規劃跨國投資與交易時，亦應尋求熟悉商業模式、投資架構、交易架構、智慧財產與跨國租稅規劃之專業服務組織協助，才能確保實質獲利落袋而非海市蜃樓，進而藉由巨額權利金與股利之獲利，讓「智力優勢競爭」營運模式蓬勃發展，成為參與全球創新、研發馬拉松競賽最佳報酬回饋。