根據行政院衛生署組織改造規劃，明年中醫藥委員會將降格為中醫藥司！也就是說，現在政府管理中醫的機關，經組織改造後將從委員會變成司，人事方面還未敲定，但官員指出，原本是獨立的委員會，明年就要變成司，這樣一來，中醫將聽從於西醫，以後西醫將管理整個中醫界！

中華民國中醫師公會全國聯合會理事長孫茂峰昨（二十七）指出，其實，中醫是弱勢團體，全台灣中醫師也不過五千多人，抗爭不是唯一的手段，他只能繼續向行政院陳情、溝通，爭取中醫的權益，但畢竟中醫只是小團體，若真的從委員會變成司，中醫沒有抗爭的本錢。

新北市中醫師公會名譽理事長陳風城強調，現在公會已經不是理事長，否則只要他有權力，就不排除帶頭向衛生署抗爭到底，他不能接受組改後，西醫變成中醫的上司，可惜中醫的力量太小，立法委員又不挺，真正關懷中醫的僅僅只有立委林鴻池。

根據政府組織改造的原則，如果仍為中醫藥委員會，就可以為中醫界做很多事，但如果降格為司，形同矮化，就是要聽上司的命令，沒辦法做自己的事。此外，中醫界也忽略一件事，那就是健保總額給付已經降到佔總額的百分之三‧九八，跟前幾年還有佔總額的百分之四以上有所差距，其餘部分都是西醫才能申請。

耳鼻喉科醫學會理事長宋和乾也指出，矮化中醫並不是一件好事，政府應該給中醫界一個獨立的機關，並且有獨立的預算、有獨立的人員編制，這樣才能解決中醫界所面臨的各種問題，也因此，所有問題自然都可以迎刃而解，建議成立「中醫藥署」比較妥當，就跟韓國一樣。

新竹市中醫師公會名譽理事長鄭阿乾進一步指出，政府對中醫的限制太多，古代中醫沒有儀器，所以只能用望、聞、問、切四診進行診斷，同理，古代西醫也沒有儀器，雖然醫療器材最先是西方國家所製造、生產出來，西醫可以運用，但中醫為何不准？西醫可以讓病患住院，但中醫為何不行？