每次藥價調查，成了醫院、藥廠與健保局大「鬥法」。民間監督健保聯盟和立委表示，有醫院成立「物流中心」，把藥價差轉到物流中心，規避健保局調查，還有診所更以「堅持使用原廠藥品」為由，趁機調漲掛號費。

立委黃淑英和督保盟質疑，藥價調查、藥價基準出問題，藥價調查形同「做白工」。黃淑英說，有醫院「變聰明」了，投資物流中心，當健保局給付藥品200元，醫院透過物流中心採購198元，看似沒有藥價差，實則被物流中心賺走，規避健保局的藥價調查。

還有診所宣稱，因為堅持使用原廠藥品，抵擋不住原物料上漲壓力，所以調漲掛號費50元。

對於遭質疑藥價越查越貴，健保局醫審及藥材組專門委員施如亮表示，今年以來陸續調整學名藥藥品價格，是因為對國產藥廠實施「PIC/S」制度，PIC/S類似藥品的GMP認證，因為藥廠提高藥品品質，所以調高給付價格做為獎勵。

但施如亮強調，雖然調高國產藥價格，但回歸到市場機制競爭後，藥價調查可以反映實際的交易價格，到時候價格會再往下降。